Dalam melaksanakan tugas dan fungsinya, BPTH didukung oleh struktur organisasi yang terdiri dari 1 (satu) Kepala Balai dibantu 3 (tiga) seksi yaitu Seksi Perencanaan dan Evaluasi Perbenihan, Seksi Sumber Benih dan Sumber Daya Genetik, dan Sertifikasi dan Pemantauan Peredaran Benih dan Bibit, 1 (satu) Sub Bagian Tata Usaha serta Kelompok Fungsional/Pengendali Ekosistem Hutan (PEH) seperti digambarkan berikut :